Cortex Command - двухмерная стратегия, в которой предстоит выбрать фракцию, за которую вы будете воевать. Каждая сторона имеет особый набор юнитов и вооружения, а также индивидуальную стратегию действия. Каждой фракции доступны боевые мехи и уникальное тяжелое оружие. Защищайте базу, добывайте ресурсы и уничтожайте строения ваших заклятых врагов.

Игровой процесс протекает в режиме реального времени. Визуальный стиль хоть и выполнен в 2D-перспективе, однако по динамике не уступает трехмерным представителям жанра. В настройках можно выставить пошаговый режим, который предоставит больше возможностей для тактики и подтолкнет к более внимательному изучению ландшафтов.

Все локации в Cortex Command - интерактивны и подвержены уничтожению. Бурите землю, чтобы добраться до золотой жилы. Для копания доступны специальные инструменты, позволяющие пробираться сквозь кору земли, мусор и прочие слои поверхности. Открывайте мощные экскаваторы, чтобы копать быстрее. Можно прорыть подземный тоннель, чтобы внезапно атаковать врага.

Покупайте ракеты, корабли, новое оборудование, юнитов, боевых роботов и т.д. Выстраивая бункер, вам необходимо разместить множество элементов сооружения и провести такой путь, который замедлит врагов. Ройте извилистые туннели, устанавливайте двери, расставляйте ловушки, турели и многое другое. Доступен одиночный режим, кооператив и мультиплеер до четырех игроков.