Theseus Protocol – это карточный рогалик с видом сбоку. Проект выделяется своей рисованной 2D-графикой в стиле аниме и научно-фантастическим сеттинге с элементами киберпанка. Его действие происходит в антиутопическом городе будущего под названием Марк-Сити, где элиты плетут заговоры, а бандиты устраивают беспредел. Игроку предстоит раскрыть жестокие и темные секреты этого мегаполиса, а также сильно повлиять на судьбу человечества. Пользователю отводится роль Прометея. Нелинейный сюжет подается в разрозненном формате. Местный лор постепенно раскрывается по мере многократного прохождения. В награду за забеги геймер получает особую валюту. Она тратится на покупку перков и прокачку оружия.

Протокол Тесея является духовным наследником Slay The Spire. Юзер путешествует по карте между точками интереса, принимает участие в различных ивентах, сражается с противниками, меняет и усиливает свою колоду, дерется с боссами. На выбор ему предоставляется 3 персонажа. Между собой помимо внешности они все различаются уникальными историями и собственными боевыми стилями. Карты и снаряжение могут вступать между собой в синергию. Смысл геймплея состоит в том, чтобы проложить оптимальный маршрут до главаря, собрать по пути к нему эффективный билд и успешно одолеть супостата. Бои традиционно пошаговые. В них надо правильно разыгрывать предметы. Сражения анимированы. Поединки сопровождаются различными выстрелами и взрывами.