Человечество будущего в Alien Marauder истощило ресурсы родной Земли и находится на грани вымирания, из-за чего приходится отправить специальные отряды на чужеродные земли. Прибыв на поверхность планеты инопланетного происхождения, запускается миссия по сбору необходимых материалов. Специализированных бойцов встречают толпы кровожадных монстров, атакующие развернутые базы людей. Игроку предстоит заниматься обороной исследовательских центров, расставляя защитные башни и возводя стены.

Атмосфера в Alien Marauder наполнена научной фантасткой, демонстрирующей новейшие технологии развивающегося человечества. Приходится применять доступный арсенал вооружения для уничтожения вражеских существ, чтобы параллельно собирать недостающие материалы и биологические вещества. Пользователю предстоит разрабатывать стратегию и продумывать тактическое расположение построек, чтобы эффективно сдерживать натиск противника. В доступном режиме выживания присутствуют два вида командиров, выполняющих роль протагонистов.

Каждый персонаж обладает уникальными умениями и способностями, помогающими разделываться с пришельцами на поле боя. Главной задачей для игрока становится развитие и укрепление базы, которую можно улучшать через научные или технологичные виды производства, помогающие усиливать мощность и оборонительные характеристики.