Super Nano Blaster – это вертикальный скролл-шутер с видом сверху и элементами игры-головоломки. В нём есть сингл и локальный мультиплеер, благодаря которому можно играть вдвоем за одним компьютером через разделенный экран. В игре есть классический и бесконечный режим. Классика поделена на 7 уровней. В случае поражения не нужно проходить этап заново, поскольку по картам расставлены контрольные точки. Перед началом забега можно выбрать один из 5 типов сложности: easy, normal, hard, expert и black hole. Из уничтоженных противников выпадают сферы. Их надо собирать, чтобы зарабатывать очки и пополнять специальную шкалу. При её полном заполнении геймеру на время дается способность Overclock, что заметно увеличивает огневую мощь.

Главная особенность игры Супер нано бластер заключается в возможности переключаться между слоями практически в любой момент. Это необходимо делать для уклонения от препятствий и вражеских пуль. Также эта механика используется в битвах с боссами. Вокруг неё построены местные пазлы. При этом юзер видит оба слоя одновременно (один из них всегда изображается в форме набора силуэтов, находящихся на один этаж ниже). Управление заточено под геймпады. Однако вместо джойстика можно использовать мышь или клавиатуру. В этой видеоигре есть 8 кораблей. Не все из них доступны с самого начала. Некоторые звездолеты открываются по мере прохождения.