Shinobido: Way of the Ninja - динамичный стелс-экшен, в котором игроки попадают в загадочный мир Го, ниндзя, страдающего амнезией после резни, учиненной его кланом. Повествование разворачивается на фоне Утакаты, земли, охваченной междоусобицей, которую раздирают три враждующие фракции, борющиеся за господство. Путешествие ГГ, движимого жаждой возмездия и преследуемого забытыми воспоминаниями, ведет его по опасному ландшафту.

По мере того как протагонист перемещается по коварному политическому ландшафту, перед игроками встает судьбоносный выбор: примкнуть к одной из трех фракций, каждая из которых предлагает свой взгляд на конфликт и раскрывает фрагменты загадочного прошлого героя. Проходя серию миссий и заданий для выбранной фракции, игроки постепенно собирают воедино загадку уничтожения клана Го и противостоят злобным силам, ответственным за эту трагедию. Shinobido: Way of the Ninja отличает упор на скрытность и стратегический бой, призывающий игроков использовать хитрость и коварство, чтобы перехитрить противников. Игра предоставляет разнообразные инструменты ниндзя - крюки для захвата, дымовые шашки и яды, - позволяя творчески подходить к каждой миссии. Выбирая бесшумное уничтожение, манипулируя врагами для получения тактического преимущества или полностью уклоняясь от боя, сливаясь с тенью, игроки могут определять судьбу Го с помощью выбранного ими стиля игры.