В Secrets of Magonia главной задачей является защита от различных врагов. На фоне лугов, пустынь, лесов, холмов и тундр тайтл предлагает юзерам адаптировать свои стратегии в зависимости от местности и врагов, с которыми они сталкиваются. Цель - отразить волны людей, огров, орков и других противников, каждый из которых имеет свой собственный набор проблем. Нужно не только ставить башни, но и выбирать подходящие, управлять ресурсами, использовать заклинания и подкрепления, чтобы переломить ход битвы.

В Secrets of Magonia около 20 карт, каждая из которых отличается планировкой и конфигурацией противников. По мере прохождения юзеры открывают более мощные башни и предметы, побеждая могущественных боссов. Эти предметы можно использовать для улучшения башен, что добавляет дополнительный уровень стратегии в каждую битву. Сами башни разнообразны: каждая из них имеет три базовых и два специальных уровня, что дает возможность их кастомизации.

Продуманное дерево навыков играет центральную роль в развитии новых способностей, позволяя игрокам настраивать и оптимизировать свой стиль. Геймеры могут выбирать из множества апгрейдов для своих башен и заклинаний, благодаря чему каждое прохождение будет уникальным. Кроме того, в тайтле есть модификаторы волн, которые регулируют сложность, сохраняя свежесть и сложность по мере продвижения юзеров. В эндшпиле геймеры столкнутся с более сложными врагами и боссами, требующими стратегий более высокого уровня.