В Puzzles For Clef игрок оказывается в приключении, взяв управление над Клефом. Действие происходит на небесном острове в фэнтези-мире. Главным героем оказывается кролик по имени Клеф, которая получая письмо от родной сестры Крес и отправляется в путешествие. Исходя из письма, она пытается добраться до спрятанных сокровищ, находящихся на острове ее предков. Она отлично знает эти места, но по мере перемещения предстоит преодолевать опасности и трудности.

История рассказывает о сестринской любви. Две родственницы находятся вдали и не могут общаться напрямую, посылая письма и рассказывая в них, как скучают. Получив очередной листочек от Крес, главная героиня отправляется на остров предков, чтобы попытаться отыскать утраченное богатство. В путешествии протагонистка столкнется с бесхитростными головоломками, будет разгадывать секреты и узнает всё о наследии собственной семьи.

Игровой процесс удаляет внимание многочисленным головоломкам. Чтобы решить задачи, геймеру потребуется взаимодействовать с окружением и исследовать его, подбирать предметы, переключать рычаги и логически мыслить. Подопечная встретится с лордом острова и его подданными. Каждая локация имеет свой дизайн и оригинальные секреты, многие из которых необязательно раскрывать, чтобы закончить прохождение.