Mega Man X: Command Mission прокладывает уникальный путь в рамках франшизы. Отступив от фирменных платформеров серии, тайтл переносит пользователей в Гига-Сити, оживленный остров, оказавшийся под перекрестным огнем между Охотниками Маверика и мятежной силой, известной как Армия Восстания. В центре сюжета - легендарный Икс, лидер Охотников за Мавериками, которому поручено подавить восстание, возглавляемое таинственным Эпсилоном.

Преданность, предательство и товарищество переплетаются между собой по мере того, как Maverick Hunters проникают в Гига-Сити, полные решимости восстановить порядок. Mega Man X: Command Mission отказывается от привычной формулы "беги и стреляй", предпочитая пошаговую боевую систему, в которой приоритет отдается стратегическому мышлению и командной работе.

Геймеры проходят серию столкновений, используя различные способности разнообразных юзеров для преодоления трудностей и продвижения по сюжету. Исследования и бои органично переплетаются. Геймеры погружаются в запутанное окружение Гига-Сити, сталкиваясь с битвами, требующими тактического мастерства. Развитие персонажей и взаимодействие с ними занимают центральное место в игре, поскольку юзеры создают альянсы и выясняют причины неповиновения армии Повстанцев.