Teenage Mutant Ninja Turtles 3: Mutant Nightmare погружает игроков в эпизодическое приключение, каждый эпизод которого опирается на предыдущий и создает более масштабное повествование. В первом акте Черепашки вступают в конфликт с враждебной инопланетной расой, закладывая основу для смелой спасательной операции. Сюжет разворачивается, открывая перед геймерами захватывающие сражения и маловероятные альянсы, и все это - в преддверии финальной схватки.

На протяжении всей игры пользователи перемещаются по различным средам и сценариям. В одном из эпизодов черепашки даже превращаются в полноценных супергероев, что придает геймплею уникальный поворот. Это изменение перспективы позволяет по-новому взглянуть на персонажей и их способности.

Кульминацией в Teenage Mutant Ninja Turtles 3: Mutant Nightmare эпизодического формата является финальное испытание, в котором геймерам предстоит сразиться с целым рядом прошлых врагов, проверяя их навыки и решимость. Победив в этих эпизодах, юзеры приходят к удовлетворительному завершению, подводящему к концу сагу о Черепашках-ниндзя.