Omega Mouse Zero погружает игроков в Omega-Verse, обширную мультиверсию, созданную одним разработчиком. В этой 2,5D Metroidvania исследование сочетается с захватывающим экшеном. Игроки управляют персонажем, перемещающимся по яркому миру, наполненному секретами, которые нужно раскрыть. Основной геймплей включает в себя платформенные задачи и боевые столкновения с более чем 100 врагами, периодически появляющимися на экране. Модификации, разбросанные по миру, улучшают способности персонажа, добавляя глубину как исследованию, так и бою.

В центре повествования - Теневой Кот, молодой бродяга с нераскрытым потенциалом. Под руководством уважаемого профессора Shadow Cat оттачивает свои навыки и постигает запретные знания. Заинтригованный концепцией альтернативных вселенных, Shadow Cat становится одержим идеей раскрыть секреты Омега-Версе.

Спустя годы Теневой Кот возглавляет группировку, известную как "Коты в черном". Сотрудничая с компанией Top Hat Rat Technology, они конструируют устройство для межпространственных путешествий. Однако попытки транспортировки живых существ оказываются неудачными. Одинокая мышь, оставшаяся в живых, становится центром экспериментов.

Пока Теневой Кот размышляет о просторах Омега-Версии, его постигает ужасающее осознание. Где-то в пределах этой бесконечной вселенной существует реальность, в которой процветает еще более могущественная Омега-мышь. Эта первобытная Омега-мышь, как опасается Теневой Кот, однажды отомстит за проступки, совершенные против ее собратьев.