Визуальный роман The Chrono Jotter повествует об ученице средней школы Ран Ибуки. Главная героиня пытается расследовать убийство собственной подруги. Ей необходимо выполнить задачу за определенное время, выследив убийцу и отомстить ему за близкого человека. Всё случилось с того, как несколько лет назад из-за таинственных обстоятельств пропала Энн Сакура, лучшая подруга Ран Ибуки.

Протагонистка предприняла многие попытки, чтобы отыскать преступника, тело или какую-либо информацию по поводу Энн. Ее старания оказались безуспешными, она считала, что ее подруга не погибла, и всегда надеялась на то, что вновь сможет обнять ее. Однажды героиня узнает о старой наполовину разрушенной школе посреди леса. Внутри покинутого учебного заведения находятся ответы на ее вопросы. Шанс не дает покой Ран, из-за чего она отправляется исследовать это место.

Ученики в этой школе часто погибали или их убивали другие люди, а большую часть преступников или доказательств так и не были найденными. В визуальной новелле пользователю предстоит разгадать тайну этой территории, чтобы выбраться живым из школы. Ибуки получила сверхспособность. Она может возвращаться в прошлое, если рядом с ней погибает какое-либо существо. Собирая решающие улики, она будет сталкиваться с опасными врагами и применять талант, помогающий ей выживать.