В Warhammer 40,000: Inquisitor - Martyr инквизитор выполняет поручения Империи, путешествуя по космическим просторам, и убивая всех, кто нарушает имперские планы. Экшен выполнен во Вселенной Вархаммер 40,000, а действие разворачивается в секторе Калигари, где волю Императора выполняют инквизиторы.

Существует 3 главных класса персонажей, разделенных на тройку подклассов:

• Ассасин Культа Смерти - вместил в себе подклассы: Диверсант, Истребитель и Снайпер.
  
• Крестоносец или Адептус Министорум - разделен на Крестоносец-тактик, Штурмовик и Тяжелый стрелок.
  
• Псайкер - сюда входит Провидец, Эфирный странник, Эмпиреанист.
  
• Техноадепт-инквизитор - новый дополнительный класс.
  

В сегменте Темпестус, сектор Калигари, опять неспокойно - здесь приняли зашифрованный сигнал бедствия, исходя из шифровки, принадлежащий инквизиции. Герой прибывает на поиски источника, обнаружив монастырь Мученик, который пропал из поля зрения 5 тысяч лет тому, еще в Эру Отступничества. Руководство Калигари желает разобраться в ситуации и о делах лорда-инквизитора - Утера Тиберия, командира Мученика. Протагонист прибывает на место, но узнает, что здесь уже побывал Клостерхейм и посланники ордена Стражей Бури.

Геймплей Вархаммер 40,000 Инквизитор Мартир основан на битвах с использованием уровней развития и классов персонажей с пассивными и активными умениями. К пассивным относят очки жизни, оборону, урон в ходе сражений, активные зависят от используемого вооружения и экипировки. Опыт начисляется исключительно за выполнение задач. Предметы обладают параметром силы, где предметы выбираются в соответствии с рейтингом задачи.

В экшене есть разрушаемое окружение и система укрытий. Геймер выбирает пуританское либо радикальное движение, к которому предстоит примкнуть в процессе, за что получает определенные бонусы. Корабль выполняет функции базы, а на карте, кроме основных миссий, существуют дополнительные. Прохождение выполняется в одиночку или во многопользовательском режиме.