Naruto Kunoichi Trainer - романтическая визуальная новелла, события которой развиваются в мире популярного аниме Наруто. Необходимо стать тренером рабынь из популярной аниме-вселенной. Главный герой оказывается перед входом в Коноху. Прямо у порога протагониста встречают три героини: Хината, Ино, Сакура.

Сюжет представлен обилием юмора. Дело в том, что герой оказался у дверей в Коноху совершенно случайно. Девушки перепутали его с кем-то другим, однако он вовсе не против остаться с такими очаровательными девушками. Оказывается, что протагонист Naruto Kunoichi Trainer - приглашенный тренер специально для девушек. В такой ситуации не остается ничего другого как определить, как и чем обучать милашек. С этого момент каждый игрок сам принимает решения.

Требуется взаимодействовать с барышнями и общаться с каждой героиней в индивидуальном порядке. Девушки имеют собственный характер, поэтому потребуется подстраиваться под каждую из них, если хочется заполучить их расположение. необходимо перемещаться между экранами и выбирать диалоговую строчку, чтобы продвигаться по сюжету. В зависимости от совершенного действия меняется ход истории и события развиваются в разных направлениях. Герою кажется, что это сон, поэтому у него очень много возможностей влиять на желания каждой девушки. Но главный вопрос, который ставит игра: сон ли это?