Геймплей Kaiju Fishing предлагает выловить из местных вод Кайдзю - эдаких монстров размеров с Годзиллу. Игра включает множество различных заданий, в которых необходимо охотиться как на небольших созданий, так и существ размеров с небоскреб. При этом герой будет помогать жителям деревень избавляться от монстров, исследуя широкие морские просторы.

Дизайн Кайдзю черпался с различных классических кинокартин, мультфильмов и книг. Чтобы выловить столь огромную рыбу, герой будет применять некоторые особые способности, помогающие ему лихо справляться с монструозными существами. Протагонист Kaiju Fishing записывает в блокнот все сведения о разновидностях местной фауны, изучая их сильные и слабые стороны: на какую приманку легче всего выловить тот или иной тип монстра, в каких местностях и водах водится конкретный тип существа и т.д. - все это доступно в записях и дневниках, поэтому ни в коем случае не следует игнорировать сбором информацией, способной значительно помочь в приключении.

Сюжет вдохновляется фольклором японской культуры о нашествии могущественных и величественных Кайдзю и рассказывает о том, как в мире был нарушен баланс, в результате чего появился разрыв, позволяющий древним созданиям проникать в нашу вселенную. Опенворлд пролегает через далекие деревни и богатые королевства, соединенные целым океаном, в котором обитают фантасмагоричные животные.