В Pixel Privateers игрок сможет почувствовать себя настоящим космическим захватчиком. Начинается весь сюжет пиксельной стратегии с того, что небольшой отряд отправляется в космическую червоточину для исследования, но по ту сторону черной дыры сталкивается с инопланетными существами. Эти жители неизвестной доселе планеты оказываются весьма разумными формами жизни, от чего быстро налаживают контакт с главными героями.

Однако путь в обратную сторону вследствие ошибки больше недоступен, поэтому персонажам придется выживать в новых условиях. Они знакомятся с местным правителем, который предлагает главперсонажам найти 5 древних реликвий, которые, по легенде, обладают огромной силой. Конечно, искатели приключений соглашаются, но для выполнения этой миссии нужно будет прокачаться для определенного уровня.

Весь экипаж будет летать на разнообразные планеты, исследуя флору и фауну и захватывая их. Во время таких вылазок придется столкнуться с вражескими бойцами, межгалактическими преступниками и другими врагами. Перед каждым уровнем в Pixel Privateers можно выбрать процент сложности. Чем он выше, тем больше бонусов можно получить, но при этом искусственный интеллект будет куда находчивее и не даст геймеру расслабиться.

Все космические тела таят в себе секреты и загадки, которые игрок может узнавать, продвигаясь по сюжету. Помимо этого, можно будет находить ценные артефакты или подбирать вражескую амуницию для прокачки своих бойцов и корабле. Чем выше скорость, выносливость и броня у летающего аппарата, тем быстрее можно достичь высокого показателя.