Alien Shooter 2 привнес серию много изменений. Наемников на выбор дают больше – 8 человек. Сами они обзавелись именами, биографиями и уникальными навыками, вроде вампиризма и регенерации. Появилась возможность расстреливать и давить монстров на транспорте. Сюжет стал более внятным. Героя теперь часто сопровождают десантники. История рассказывает о неудачных экспериментах корпорации М. А. Г. М. А. Она посылает бойцов в секретные лаборатории. Им необходимо разобраться с ордами тварей и добыть важную информацию. В повествовании присутствуют сценки с диалогами и дружественные NPC. Число и разнообразие противников тоже увеличилось. Вместе с этим возросло количество расчлененки и крови.

В "Алиен Шутер 2" богатый арсенал оружия. Тут 13 типов пистолетов, 7 дробовиков, 15 автоматов и пулемётов, 10 гранатомётов и ракетниц, 11 энергетических пушек, включая лучевые, ионные и лазерные. Среди них даже есть уменьшитель врагов и распылитель. Оружие и броню можно покупать и продавать в магазине. Кроме кампании, состоящей из 15 миссий и двух концовок, есть режим "Бойня". Он перекочевал в сиквел из оригинала. Еще тут есть мультиплеер с возможность кооператива и PvP. В сюжетном прохождении стандартный отстрел чудовищ разбавляется поездками на машинах по большим картам и сдерживанием волн недругов из пулеметного гнезда с бесконечной амуницией. Разработчики добавили элементы RPG. За уничтожение недругов и выполнение квестов персонаж получает опыт. После набора нужного количества очков ему выдают новый уровень. Можно прокачивать силу, здоровье, интеллект и другие параметры. Например: навык владения конкретным видом стволов. С ростом левела протагонист начинает эффективнее косить супостатов и быстрее передвигаться.