В ZONE OF THE ENDERS THE 2nd RUNNER : MARS игрок снова возьмет под контроль робота-меха Джехути. В версии ремастеред появилась обновленная графика, расширение 4К, обновленная озвучка и поддержка PS VR. Шутер приобрел элементы экшена и динамичных сражений. В игре есть соло-прохождение и многопользовательский режим.

События разворачиваются спустя 2 года после финала предшественницы. В центре сюжета - Динго Эгрет - бывший сотрудник военной марсианской организации BAHRAM. Глава военных Ридли "Нохман" Хардиман желает, чтобы герой вернулся в их ряды, но Эгрет отказывается. Нохман стреляет в персонажа, но его спасает агент по имени Кен Маринарис, который размещает Динго в меха. Герой должен победить Бахрам. В 2174 году люди покорили Солнечную систему и колонизировали Марс, нынешние жители которого борются за независимость от Земли. Был найден энергетический источник - Метатрон. Бахрам использует новые технологические наработки с его использованием желая захватить и Землю и Марс.

В ZOE 2 недруги стали значительно жестче, а управление более продуманным. Мех способен атаковать одновременно нескольких противников. Робот взаимодействует с окружением и может использовать подручные предметы для сражений. Геймплей линейный, но на карте мира есть второстепенные задания, в ходе которых Джехути сражается с массой роботов-врагов и с другими боевыми механизмами.

Для полного восстановления персонажа нужно собрать Метатрон. Автосохранения нет и стоит сохранять прогресс на старте каждого левела. Прокачать уровень героя можно уничтожая противников, собирая дополнительное вооружение и убивая боссов. Зависимо от полученного опыта, способности протагониста меняются. Выполнив определенные миссии производительность подопечного вырастает в разы.