Final Fantasy Blackmoon Prophecy – неканоническое ответвление по миру одноименной серии игр. По сюжету, еще 100 лет назад древнее зло задумало погубить все живое на земле при помощи волшебных кристаллов стихий. Но планам антагонистов решили помешать отважные герои, объединившиеся в одну команду для борьбы со злом. Для этого им предстоит преодолеть 30 обязательных и 10 дополнительных подземелий, на 3 разновидностях миров и победить около 400 монстров.

Персонажи в Final Fantasy Blackmoon Prophecy разделены на категории:

• Играбельные, в числе которых главный герой Ван Вайнстронг, вор Лака Арделл, черный маг Олстон Сарадин, белая магиня Элина Алунира, ниндзя Нобумаса, путешественник, использующий голубую магию, Ами Пеперро, драгун Дариус, фехтовальщик Зигфрид, чародей Годо, воин Вера Фарабрандт
  
• Временные, например, лучший друг главгероя Вана, Ханс Верратер, тюремщик из Бранча;
  
• Секретные, открываются после прохождения определнных локаций основными персонажами. В игре можно открыть Боша Гора, охотника за сокровищами и коллекционера артефактов, который отличается двойной атакой, элементалистку Жасмин или Омикрона.

На пути к победе, отряд спасителей встречает различных монстров – чокобо и муглов, гоблинов, кактуаров и тонберров. Эти существа по-разному реагируют на одни и те же заклинания, поэтому геймеру нужно тщательно обдумывать каждую атаку. Есть и призываемые сущности – Эсперы, Ифриты, Шива, Бахамут, Левиафан, Раму, они могут быть эффективны против одних противников и совершенно бесполезны в борьбе с другими.