Super Neptunia RPG – ролевое экшен-приключение в двухмерном мире, наполненное громадным количеством интересных битв, проходящих в пошаговом режиме. Главным героем истории оказывается Нептуния – девушка, который из-за амнезии забыла всё, кроме своего имени. С помощью 3 знакомых девиц и протагонистки, обладающих суперспособностями и навыками ведения боя с применением магии, геймер преодолевает все трудности на пути к финальным сценам, завершающим длительную сюжетную кампанию.

Предыдущие игры этой франшизы происходили в трёхмерном пространстве, в отличие от "Супер Нептуния РПГ". На этом строится основная сюжетная арка, в которой повествуется история о том, что из-за невиданных изменений вселенной, мир оказался двухмерным. В ходе приключений виртуальная протеже узнаёт, что стало виной таких радикальных изменений. После получения таких знаний, девчонки отправляются спасать галактику, пытаясь вернуть её в привычный вид.

Геймеру предстоит прокачивать своим подконтрольных девиц. Помимо апгрейда умений, доступна смена снаряжения на более сильные варианты. Оружие, броня, аксессуары и расходные материалы выпадают из поверженных вражеских юнитов, которыми наполнены локации, где находятся героини. Перед стартом поединка с мобом, пользователю предоставляется возможность сменить вооружение богинь-протагонисток и подстроится под недруга.