Evil Genome – это метроидвания. Проект выполнен в 2,5D. У игры трехмерная графика, но камера в ней расположена сбоку. События разворачиваются в мрачном будущем. На дворе 23 век. Летающий корабль попадает под обстрел и падает в постапокалиптических пустошах. При крушении выживает Лахезис, но она ничего не помнит и не понимает, почему её преследуют. Дрон подсказывает ей способ вернуть память, и так начинается путешествие героини. В сюжете много внезапных поворотов.

Изначально девушка умеет только бегать, прыгать, уворачиваться, стрелять из пистолета и махать мечом. Постепенно она совершенствуется, расширяя свой арсенал возможностей. В Evil Genome большое дерево умений. В нем открываются 50 активных (под них выделено 4 ячейки) и пассивных навыков. Среди них есть скиллы, позволяющие молодой женщине преодолевать различные препятствия и попадать в локации, что ранее казались недоступными. На точках сохранений можно не только засейвить прогресс, но и перераспределить очки способностей. Усиленная героиня способна клонировать саму себя, выстреливать проджектайлами, пронзать врагов клинком, ставить ловушки и многое другое.

Геймплей состоит из схваток с противниками, битв с главарями (присутствуют и неожиданные боссфайты), исследования мира, поиска лута, прокачки. Оружие и броня не только делают Лахезис мощнее, но и меняют её внешность. Присутствует выбор сложности, но даже на легком уровне недруги способны доставить много проблем. Игра подталкивает изучать паттерны поведения рядовых супостатов и боссов, так как они способны быстро убить героиню.