PixelJunk Shooter имеет очень короткую завязку. По сюжету на планету Апоксус Прайм прилетает корабль, чтобы спасти ученых и шахтеров. Произошла авария и техногенная катастрофа, после чего колонистов разбросало по разным местам. Пользователь управляет этим транспортом и руководит спасательной операцией. Кроме сингла есть локальный кооператив на двоих и сетевой мультиплеер.

PixelJunk Shooter состоит из 15 уровней. Чтобы попасть в следующую зону, нужно одолеть босса. А, чтобы получить возможность сразиться с главарем, надо собирать на локациях алмазы. Также важно находить людей в скафандрах и поднимать их на борт с помощью специального устройства. Мешать этому будут различные подземные твари. Их необходимо отстреливать из ракетницы, стараясь при этом не задевать жителей колонии. Частые выстрелы нагревают обшивку. Можно выпускать снаряды очередями или поодиночке.

Игра представляет собой двухмерный аркадный шутер. Проект может похвастать проработанной физикой. На ней строятся местные головоломки. Жидкости тут при взаимодействии между собой могут менять свойства. К примеру, если вылить на лаву воду, то она превратится в вулканическую породу. А выстрел облако газа спровоцирует мощный взрыв. Для каждой загадки существует только один способ решения. Корабль может перегреваться и охлаждаться, в зависимости от типа жидкого препятствия, сквозь которое он пролетает. Иногда встречаются специальные типы брони, что позволяют спокойно перемещаться в той же магме.