An Alien with a Magnet рассказывает о путешествии инопланетянина домой. Однажды он летел по космосу на корабле и потерпел крушение. Звездолет уцелел, но его двигатель сломался. К счастью, в транспорте оказался особый магнит, притягивающийся к планетам.

Вокруг применения этого гаджета и строится геймплей. An Alien with a Magnet сочетает в себе аркаду, платформер и головоломку. Пришелец пытается добраться до конца уровня. Он перемещается с помощью магнита: притягивается к планете, вращается по её орбите, а потом отталкивается и летит к следующему небесному телу, двигаясь по инерции. Ещё встречаются пушки, что выстреливают протагонистом, как ядром. Также попадаются круглые объекты из пинбола, от которых герой рикошетит.

Управление задействует всего одну кнопку на клавиатуре или мышке. Её зажатие активирует магнитное устройство и включает гравитацию. Если клавишу отпустить, то притяжение сразу же исчезнет. Корабль двигается по прямой линии, собирая по пути драгоценные камни (за них дают очки) и бонусы (они ненадолго дают различные усиления). Во время импровизированного полета необходимо избегать столкновений с астероидами. Кампания состоит из 45 этапов. Порой на них приходится собирать планеты по кусочкам, чтобы подвинуться дальше. Уровни можно повторно проходить, чтобы заработать на каждом 3 звезды. Также есть режим на время.