Игроку в The Last Federation предстоит объединить существующие инопланетные фракции под единое руководство, чтобы создать мир и предотвратить дальнейшие войны, геноцид и прочие катастрофы. Главный герой пользуется единственным космическим кораблем, летая между мирами и наблюдая за событиями, происходящими в бескрайнем пространстве. Иногда предстоит вступать в сражения с противниками на звездолетах.

Геймер участвует в пошаговых сражениях с 2-ух секундными интервалами, дающими возможность распределить мощность между оружием, настроить двигатели и щиты, влияющие ключевым образом на исходы битв. Процесс совмещает элементы стратегии и пошаговых тактических битв. Действия разворачиваются по всей солнечной системе с глубокой симуляцией жизни. Центральный персонаж – последний представитель своей расы, решивший объединить врагов и нейтральные фракции под одни знамена, либо уничтожить их всех. Присутствует 8 рас с миллионами жителей, оригинальными юнитами и способностями.

В битвах могут участвовать до 5 группировок одновременно. Галактика насчитывает миллиарды существ, живущих без вмешательства пользоваться. В режиме наблюдения можно смотреть, как разворачиваются события. Нации могут падать и подниматься, устраивать сражения между собой и создавать союзы. Сложность Ironman делает каждый аспект прохождения хардкорным. Геймер способен изучить уникальные политические системы, личности и атрибуты каждой расы. Настройка сложности разрешена в середине или конце прохождения.