В Manipulated все началось с того, как ученые из института GTRI в ходе эксперимента узнали, что человечество доверяло бы роботам больше, чем самим себе. Из-за этого в будущем искусственный интеллект победит людскую расу и наступит машинная эра. Вы попадете в будущее и берете управление над странноватой ученой. Процесс совмещает элементы платформера и головоломки.

Путешествуйте по двумерным локациям с боковой прокруткой. Проходите уровни, где понадобится решать многочисленные задачки и взаимодействовать с окружением. Геймплей делится на два типа. В первом понадобится решать задачи, находить ключевые предметы и включать логику. Во втором вы сражаетесь с врагами и прыгаете по платформам, преодолевая смертельно опасные препятствия. На пути попадутся боссы, а вам потребуется выяснить их слабые места, чтобы атаковать их и быстрее уничтожить.

На интерфейсе вы заметите количество здоровья и время, за которое проходите текущий уровень. На локациях разбросаны бомбы и метательные ножи. Всего можно носить по 8 второстепенных предметов каждого вида. Они помогают сражаться с врагами или уничтожать объекты. Если вы надолго застряли на определенном задании, то можете воспользоваться подсказкой, а их ограниченное количество. Спуститесь в подземную лабораторию и морское царство. Выберитесь наружу, преодолевая бездонные пропасти, лазерные ловушки, шипы или роботов-противников.