Horror of the Deep переносит игрока в странное и загадочное место. Главный герой попадает в гигантское и заброшенное подземелье, а, чтобы выбраться оттуда, понадобится спускаться глубже. Постепенно он находит подсказки и понимает, почему здесь оказался. Протагонист разгадывает тайны, но вдруг сталкивается с неизвестными существами, явно настроенными агрессивно. Теперь у него единственная задача – остаться в живых и попытаться выбраться из этого ужасающего места. Чтобы сделать это, потребуется раскрыть все страшные тайны.

Игрок побывает в роли исследователя, попавшего в загадочное подземелье огромных размеров. Перемещаясь по локациям, понадобится взаимодействовать с окружением, чтобы решать головоломки и добираться до различных подсказок. Записки и указания на стенах помогут понять, что делать дальше. Большая часть прохождения сводится к тому, что геймеру предстоит искать разнообразные вещи, открывать проходы и постепенно продвигаться вглубь пещер. Сохранение происходит при помощи достижения чекпоинтов. Встречи с монстрами не желательны, поскольку моментально убьют центрального персонажа, если доберутся до него. Противников можно избегать и всячески прятаться за объектами, чтобы не дать себя обнаружить. Если герой погибнет, то квестовые предметы поменяют свое местоположение. Это же происходит и в случае перепрохождения.