System Shock Original Dilogy включает две оригинальные части. Все начинается с событий, когда безымянного пойманного хакера просят взломать искусственный интеллект SHODAN, взамен на свободу. Это поможет взять управление над станцией Цитадель. Диего незаметно решается выкрасть испытательный мутировавший вирус, проходивший эксперименты на станции. После этого его можно продать на черном рынке под видом биологического оружия.

Если хакеру удастся взломать, то он получит редкий нейронный имплантат военного типа. Ему удается взломать SHODAN и устранить все ограничения, после чего герой получает обещанный чип и впадает в 6-месячную кому. Прохождение начинается с того, как протагонист пробуждается на станции и видит, что все роботы перенастроены агрессивно, а сотрудники превратились в киборгов и монстров, а большая их часть убита. Центральный персонаж узнает, что ИИ вскоре воспользуется лазером, чтобы уничтожить крупные города на планете. Ему предстоит остановить нападение и отключить оружие массового поражения.

Действие System Shock 2 происходит после того, как протагонисту удалось остановить планы атаки на Землю. Вторая часть начинается в 2114 году, когда мегакорпорация Триоптимум создала первый космической самолет, оснащенный сверхсветовым двигателем. Звездолет вправе изменить время и пространство. Герой попал на планету Тау Кита 5, поскольку судна откликнулись на спасательные сигналы. Они спустились на сушу и прошли в древнее строение, где обнаружили некие яйца. Забрав их к себе на корабли, вскоре коллективный разум из яиц заразил экипаж. Инопланетные существа называются "Многие", берущие контроль над живыми организмами.