Действие Powerslave EX разворачивается в древнем египетском городе Карнак в конце 20-го века. Поселение и окружающие территории были захвачены загадочными существами. Спецподразделение обученных бойцов было отправлено в долину, чтобы решить проблемы. Они направляются при помощи вертолета, но его сбивают. Главный герой чудом остается единственным в живых. Он направляется в одиночку выполнить свою миссию, чтобы спасти мир.
 
Игроку предстоит сразиться с ордами инопланетных насекомых, имеющих название "килмааты". Поскольку события происходят в Египте, то пользователь будет сражаться с такими врагами: злые духи, скорпионы, солдаты Анубиса, мумиями и другими приспешниками килмаатов. Протагонист получает указание от духа короля Рамзеса. Его мумия были эксгумирована инопланетными существами, пытающимися воскресить его и воспользоваться силой, чтобы управлять миром.
 
Центральный персонаж вскоре понимает, что не способен справиться в одиночку. Ему потребуется собрать 8 фрагментов радиопередатчика, чтобы отправить сигнал и вызвать на помощь. В процессе включено 2 концовки. В первой протагонисту не удается собрать необходимые детали, из-за чего Килмаат берут контроль над планетой. Если геймер соберет все части, его вернут из долины, и он сможет помочь Рамзесу. Боги благословляют героя и делают его правителем мира.