Джимми Нейтрон против Джимми Неготрона - трехмерная аркада по мотивам одноименного мультипликационного шоу. В этой игре протагонисту предстоит сразиться со своим альтерэго из другого измерения. Его злобная версия придумала план, в котором необходимо совершить путешествие в Ретровиль, используя портал, построенный протагонистом.

Так получается, что парень случайно активируют нужную Негатрону машину, когда хотел покрасоваться перед девушкой Синди. Злодей пользуется этой возможностью и моментально переносится в наш мир. Теперь герою необходимо остановить свою безумную копию, пока она не разрушила весь мир. Вместе с ним постарайтесь найти способ вернуть безумца назад в свое измерение.

Игровой процесс Jimmy Neutron vs. Jimmy Negatron представляет собой классических трехмерный платформер с элементами экшена. Сражайтесь с прихвостнями антагониста, прыгайте по платформам, собирайте коллекционные предметы и летайте на работе-собаке по кличке Годдард. Управляйте подводной лодкой и взлетайте при помощи реактивного ранца. Будучи ученым, создавайте гаджеты и различные изобретения, помогающие преодолевать препятствия и сражаться с врагами.