Muv-Luv Alternative является третьей и заключительной частью трилогии. Прохождения финала рассчитано на 50-70 часов. Однако для понимания сюжета желательно ознакомиться с двумя предыдущими играми серии. А именно: Extra и Unlimited.

Muv-Luv Alternative – это визуальная новелла, как и два предшественника. Проект использует рисованную двухмерную графику в стиле аниме и научно-фантастический сеттинг. Действие игры происходит в современном мире, в котором ключевые исторические события развились по альтернативному пути. В 1958 году ученые находят на Марсе разумную форму жизни. 9 лет спустя Китай и Канада отправляют астронавтов на Луну. Но те самые пришельцы с красной планеты перебили всех космонавтов. А уже 1973-м эти инопланетяне прилетели на Землю и начали истреблять людей.

К 2001 году население земного шара составляет всего 2,2 миллиарда человек, а многие европейские страны уничтожены захватчиками. СССР и США строят военные базы на Аляске и Камчатки. И у этих стран очень напряженные отношения с Японией. Сами японцы построили боевых человекоподобных роботов, пилотируемых молодыми людьми, и с их помощью отбили атаку пришельцев. Правда, при этом они потеряли много жителей и южные территории.

Сюжет триквела стартует сразу после завершения сиквела. История берет свое начало спустя 3 года после того, как Такеру обнаруживает себя в этом мире. Сам японский школьник до этого жил в другом измерении и не подозревал о существовании параллельных реальностей. За этот период юноша встретил копии своих друзей из иной вселенной, записался в армию и начал воевать с силами инопланетного агрессора. Он стал свидетелем череды ужасных событий и сам должен был умереть. Но вместо гибели подросток непонятным для самого себя образом вернулся во времени в самое начало истории оригинала. Протагонист решил воспользоваться этим шансом, чтобы предупредить ключевых персонажей и изменить судьбы всех.