Сюжет Fallout Tactics: Brotherhood of Steel рассказывает об организации под названием "Братство Стали". В группировке состоят люди, пытающиеся всем силами выживать в постапокалиптической обстановке, исследовать мир и собирать разнообразные технологии. Они стараются обосноваться в нулевом Убежище, собрать туда наибольшее количество выживших и создать новую эпоху человечества.

Главным противником является "Калькулятор", состоящий из человеческого разумного мозга и искусственного интеллекта. Игрок берет управление над выжившими и участниками Братства, чтобы путешествовать по пустошам разрушенного мира. На пути предстоит столкнуться с магическими зверьми, супермутантами, налетчиками, техномодифицированными фанатиками и армией роботов. Калькулятор управляет всеми врагами, с которыми встретится протагонист. В финале прохождения предстоит добраться до Главного Входа в Убежище-0 и воспользоваться ядерной ракетой, чтобы устранить главный разум противника, либо стать с ним единым целым.

Вселенная Fallout представлена в виде новых тактических боев. Пользователи управляют небольшими группировками, перемещаясь по постапокалиптическим локациям и сталкиваясь с многочисленными оппонентами. По ходу прохождения геймер добудет новую экипировку и вооружение для подопечных доберется до выживших и слабых, которым нужно будет помочь.