По сюжету Earth Atlantis в конце 21 века Землю настигло глобальное изменение климата, в результате которого большая часть планеты осталась под водой. Роботы смогли адаптироваться, и вместе с животными образовали единый блок обитателей. Игрок получает в свое распоряжение аппарат "Охотник" и отправляется в приключение по глубинам океана. Поиск секретов, уничтожение противников и много другое ожидает в ходе продвижения по сюжету.

С самого начала доступен только один режим - решения квестов. В последствии, после прохождения открывается доступ к моду охотника. Управляя субмариной "Наутилус", пользователь будет встречать на своем пути пиратские корабли. Таким способом предстоит завершить 12 уникальных событий. После победы над ними их можно будет взять под контроль и использовать в качестве основного судна. Среди ключевых отличий - тип стрельбы и внешний вид. Что касается сражений, то здесь все предельно просто. Оппоненты нападают с обеих сторон экрана, и цель состоит в подавлении угрозы и уклонении от огня. Рыбы, медузы и гуманоиды будут не рады присутствию в своих владениях чужих, поэтому придется принять бой. Earth Atlantis выполнена в визуальном стиле 14 века под названием "Олд Скетчинг", что особенно выделяет её в данном жанре.