В далеком космосе, на одном из звездолетов в VVVVVV происходит странная авария. Корабль собирается пройти через измерение, но вследствие неполадок, телепорт ошибается. Вся команда оказывается разделена и раскидана по разных порталах. На космолете остается только навигатор Виолетта, с которой связывается герой - командор Виридиан. Он отправляется к своему кораблю, захватив с собой энергетический брелок. Капитан должен исправить нелепую ошибку, спасти от опасностей и собрать весь экипаж. Далее сюжетная линия развивается исходя из порядка и по мере спасения персонажей. В любом случае необходимо добраться до заброшенной лаборатории, чтобы отыскать Викторию - доктора, пройтись к Зоне Телепортов и помочь инженеру по имени Вердигрис, за профессором Вителлари предстоит отправиться на другую станцию в космосе, и найти Вермиллиона. Объединившись с первым членом экипажа, парни перенесутся в полярное измерение и перевести новоспасенного до телепорта. И так необходимо проделать с каждым отдельным персонажем.

Периодически будут возникать трудности, например, предстоит отключать систему охраны. Забрав последнего члена группы Виридиан найдет стабилизатор измерения VVVVVV, который и стал причиной аварии, и выключает его. Командор попадает в космос и оттуда его спасает команда. Вместе они решают починить неисправный портал. В финале надо собрать по пути 20 брелоков, которые помогут исправить портал. Активировав телепорт, группа попадает на секретную базу, где хранятся записи исследований, что проводились над VVVVVV и методы его восстановления. В процессе игрок сможет исследовать открытый мир, где полно ловушек и разношерстых врагов. Протагонист будет без оружия, а одно прикосновение к врагу приносит смерть. Единственное, что может делать герой - прыгать и изменять гравитационный вектор. Герой способен ходить по потолку, чтобы избегать встречи с недругами. В платформере есть комнаты, через которые осуществляется прохождение. Каждая из них - это головоломка, решение к которой нужно найти в процессе.