Школьные Дни HQ – визуальный роман с эротическими элементами. Сюжет начинается с рассказа об Макото Ито, ученике старшей школы. Сразу несколько девушек влюбляются с Макото, что повлияет на его самого и отношение с окружающими. Прохождение имеет малое число интерактивных сцен. Игрок способен менять направление истории, совершая выборы в диалогах или действиях, связанных с девушками.
 
Львиная доля прохождения School Days HQ представлена в виде анимированных сцен с многочисленными диалогами и разговорами между персонажами. Данная версия проекта предоставляет улучшенные анимации с проработанными задними фонами, лицами героев и прорисовкой в целом. Когда геймплей останавливается, пользователь делает выборы. Время ограничено и решение потребуется принять незамедлительно. Во время процесса геймер будет наблюдать за интимными сценами, а изображения разных частей тело пикселизовано.  
 
Существует 20+ путей, по которому разворачивается сюжет. Это влияет на то, с какой девушкой будут отношения, как герой с ней общается и какое между ними взаимодействие. 15 из концовок хорошие, 3 плохие и остальные - альтернативные. В плохом завершении сюжета протагонист столкнется со смертью определенного персонажа. К примеру, Котоноха в главе "Вечность" совершит самоубийство, спрыгнув с крыши, а Сэкай и Макото приходят в ужас.