Прохождение Heart of Darkness начинается с того, как главный герой, молодой мальчик по имени Энди, подвергается физическому насилию со стороны учителя из-за того, что ученик заснул на уроке. Энди страдает никтофобией, страхом стоять перед темнотой или находиться в ней. В этот же день ребенок получает задание наблюдать за солнечным затмением.

Отправившись выполнять поручение, он прихватил собственную собаку по кличке Виски. Наблюдая за затмением, таинственные тёмные силы крадут питомца. Из-за этого мальчик достал все свои изобретения и машины. Центральный персонаж попадает в вымышленное измерение, Тёмную страну. Попав в новый мир на космическом корабле, протагонист сразу разбивается и попадает на таинственные земли. Ему предстоит преодолеть сотни препятствий, разгадать местные секреты и добраться до любимой собаки.

По ходу прохождения игрок сражается с теневыми существами и агрессивными чудовищами. Предстоит путешествовать по инопланетным территориям и пройти через подводную пещеру, реку с лавой, болото, каньон и другие местности. В своем приключении Энди получит поддержку от расы Амигос. Подопечный получает волшебный камень, обладающий большими магическими силами, помогающими моментально устранять живых теневых существ. Основная задача – добраться о тёмного колдуна, захватившего Виски. Он напоминает учителя, с которым мальчик столкнутся на старте прохождения.