Atlantis: The Lost Tales - приключенческая головоломка от первого лица. Игрокам необходимо взаимодействовать с окружающим миром, используя интерфейс. Требуется перемещать камеру таким образом, чтобы прицел был ровно по центру. Это дает возможность разговаривать с людьми или подбирать различные предметы. Атлантида: Затерянные сказания основана на изучении окружения и решении пазлов различной степени сложности.

Некоторые головоломки требуют от игроков нетривиального подхода. Многие пазлы основаны на скорости, поэтому предстоит быстро принимать решения. Например, убегать от охранников. Неверный выбор приводит к смерти главного героя. Протагониста Atlantis: The Lost Tales зовут Сет. Он прибывает к Компаньонам Королевы в качестве телохранителя правительницы Атлантиды. Незадолго до появления Сета королева исчезает.

Теперь герою предстоит отыскать царицу. Протагонист узнает, что у королевы произошел конфликт с телохранителями консула. Погружаясь в пучину интриг, он попадает в конфликт глобального масштаба, который грозит уничтожению Атлантиды. В центре игры - кристалл, разделенный на две половины - Темную и Светлую. Одна находится на Острове Пасхи, а другая - в Стоунхендже. Потребуется спасать жителей города, решать множество сложных задач и пазлов.