Геймплей Star Trek: Starfleet Command имитирует военные столкновения между космическими самолетами, бои инопланетных рас и действия флотов. Проект основан на настольной игре Star Fleet BattIt. Сценарный режим включает 6 звездных держав, где понадобится взять управление над определенными членом элитной организации. Каждая нация состоит из определенных миссий, повествующих разные истории.

В прохождении игроку контролирует и маневрирует кораблем, пытаясь сблизиться к соперникам и атаковать их. Корабельные щиты и важные системы – наиболее уязвимые места для атаки, где проходит большой урон. Перед уровнем пользователь получает список целей, что зависит от выбранной кампании. Задания потребуют от геймера взаимодействовать с разными кораблями, инопланетными существами или исследовать космические тела.

Каждый сценарий начинается с того, как игрок берёт управление над лейтенантом-командиров. Центральный персонаж сможет добиться звания контр-адмирала и заполучить мощнейший фрегат в свое распоряжение. На панели дисплея отображены множественные интерактивные кнопки, через которые открыт доступ к взаимодействию с вооружением, морской пехотой, минам, исследованиями и щитами. Многопользовательский режим включает до 6 участников, способных сражаться между собой или объединиться против общего противника.