Da Capo 3 R – визуальная новелла с сюжетом, ориентированным на рассказ о любви, романтике и дружбе. История начинается в конце зимы, постепенно превращающейся в расцветающую весну. Игрок попадает в волшебное учебное заведение в Лондоне, где познакомится со многими персонажами. Повествование идет о Киётаке и других учениках, пытающихся создать сказку собственной жизни.

Киётака попадает в Лондон через океан. Старший сын – член семьи Кацураги, наиболее могущественных магов в Японии. Он отправился на учебу вместе с младшей сестрой по имени Химено. В Королевской Академии Магов центральные персонажи встретятся с новыми друзьями и будут обучаться разнообразным заклинаниями и способностям. Академический город скрыт от глаз посторонних людей, находясь в обширном подземелье. Территория заведения установлена на 3 плавающих островов, созданных в форме полумесяцев.

Протагонист чувствует себя непринужденно в новой среде, весело проводит время с новыми знакомыми, посещает уроки и обучается новым способностям. Но через время он столкнется с обычными днями, повторяющимися как "Да Капо". Ему предстоит пережить трудные моменты и не сойти с ума. Геймплей разработан, как и в других проектах подобного жанра. Представлены двумерные спрайты персонажей, сотни диалогов и выборы, влияющие на дальнейшее прохождение и концовку.