The Maracot Deep погружает пользователей в сеттинг морских путешествий, где команда мореходов бороздят бескрайние водоемы. Периодически, моряки отправляют одного из членов экипажа на исследование подводного мира. Так, можно обыскать обломки затонувших кораблей и обнаружить ценности, которые хранились под водой много лет. Во время всего прохождения игрок может свободно переключаться между персонажами, занимаясь не только исследованиями, но и делами на палубе.

Проект "Бездна Маракота" лишь на первый взгляд кажется простой, но на деле это совсем не так. Некоторые механики в буквальном смысле соответствуют реально существующим, что в свою очередь усложняет процесс прохождения. Например, оружие (особенно клинки) имеет свойство ломаться и изнашиваться. Это может произойти в любой момент, и если геймер останется без средства защиты на поле боя, придется выходить из сложившейся ситуации любыми способами. На бортах утонувших кораблей можно найти сундуки с золотом, однако заполучить награду будет не так просто. Скелеты погибших пиратов будут охранять ценности до последнего, и, чтобы завладеть желаемым, пользователю придется сильно постараться. Для упрощения задачи можно не только своевременно переключаться между персонажами, но и передавать им оружие. Например, если у игрока имеется пистолет, можно открывать огонь с разных позиций, не давая оппонентам организовать нападение. Этот аспект будет особенно важен в последней битве, когда в арсенале будет как минимум 6 пистолетов.