Famicom Detective Club: The Missing Heir - визуальная новелла, состоящая из простых механик, таких как спросить, исследовать, взять, указать и ходить. Требуется расследовать два таинственных дела, связанных с убийством девушки и одного пожилого человека. Необходимо общаться с людьми, пытаясь узнать подробности смерти пострадавших. Важной составляющей выступает поиск клик.

При диалоге доступно несколько строчек на выбор. В зависимости от ответов, история развивается в определенном русле. Потребуется также прописывать ответы. Первая глава называется Пропавший наследник. Человек по имени Амачи находит главного героя, потерявшего память. Протагонисту Famicom Detective Club: The Missing Heir требуется вспомнить, что произошло. Он встречает девушку Аюми Тачибан, которая говорит ему, что он - детектив.

Вернувшись к работе и пытаясь вспомнить прошлое, расследование выводит героя на смерть Кику Аясиро. При поисках улик на поверхность всплывает множество загадок и тайн. Это точно было не простое убийство. Вторая глава Девушка, которая стоит позади, дает поуправлять следователем Сюнсук Уцуги, который должен узнать подробности убийства обычной девушки из средней школы Усимицу.