Уже с первых минут прохождения DeadEnd Cerebral Vortex становится понятно, что это далеко не самый обычный проект. При запуске и переходе на стартовую локацию система сообщает, что пользователь находится внутри вызывающего галлюцинации лабиринта. Кроме того, этот лабиринт находится в подсознании персонажа, из-за чего происходящее становится еще более удивительным. Но не стоит думать, что происходящее здесь не имеет никакой цели. Дело в том, что душа главного героя потеряна, и её фрагменты находятся в отдельных кубах. И чтобы собрать её воедино, необходимо найти все кубы и принести их в модулятор души.

Ключевым в DeadEnd Cerebral Vortex является тот факт, что все происходит в лабиринте. Все его сегменты выглядят одинаково, из-за чего потеряться и начать ходить кругами очень просто. Чтобы этого не произошло, в игре есть вспомогательный предмет - банка краски. Воспользовавшись ею, пользователь будет оставлять за собой цепочку следов, таким образом фиксируя направление движения. Есть также глаза и лампы, с помощью которых увеличивается диапазон зрения главного героя. Так, при определенных условиях он может видеть сквозь объекты. Еще один специфический предмет - преобразователь. Используя его, можно превратить реальные объекты в иллюзии, а иллюзии - в объекты. За счет этого принципа можно проходить сквозь стены, обнаруживать потайные ходы и выискивать более удобные способы достижения конечной цели.