Deponia: The Puzzle хоть и не связана с другими частями серии напрямую, но при этом содержит множество отсылок и запоминающихся моментов. Здесь, пользователю предстоит заниматься сбором пазлов разной сложности, которые в итоге формируют те или иные фрагменты истории. Каждая следующая композиция будет больше предыдущей, из-за чего количество элементов значительно увеличится. В общей сложности, игра предлагает 90 уровней и 15 дополнительных концептуальных изображений из этой вселенной.

Каждый раз, сбор пазла в Deponia: The Puzzle проходит на отдельном поле. Все фрагменты находятся в правой части экрана, и для формирования картинки их нужно перетаскивать в центр. При этом, они далеко не всегда находятся в изначально правильном положении, и при необходимости их нужно будет перевернуть. По мере того, насколько успешным будет завершение каждого уровня, пользователь будет набирать очки. В конце, когда формируется итоговый счет, именно это количество идет в учет как личный рекорд, и при желании можно всегда вернуться к уже завершенному этапу, чтобы превзойти достижение. Немаловажно и то, что все происходит с учетом времени, поэтому нужно действовать быстро, ведь если пользователь не успеет завершить, задание будет провалено. А если он сможет справиться с задачей до того, как истечет отведенный срок, то сможет получить прибавку к уже накопленным очкам.