Геймплей Crouching Pony Hidden Dragon совмещает жанр экшен и RPG. Аркадное прохождение скрывает под собой богатую предысторию, продуманный лор и события, произошедшие ранее, которые имеют влияние на текущую ситуацию. Игрок не раз столкнется с опасностями и явлениями, вызванными прежней катастрофой. Свод правил позволит узнать обо многих тонкостях и особенностях.

Сюжет повествует о бесспорном вожде Сенсее. Его ученики – Пони и Бики, способные пользоваться техникой секретной чакрой в идеале. Это помогает им управлять городом и местностью. Мирные жители и другие фракции боятся и уважают их, а правоохранительные органы пытаются поймать и потянуть в тюрьму. Игровая часть состоит из прохождения последовательных уровней, где понадобится находить ресурсы, помогающие прогрессировать. На локации можно найти зелья воскрешения, специальные техники ниндзя, бонусы для здоровья, монеты или сундуки с сокровищами.

Найденные вещи необходимо для приобретения улучшений и экипировки. Оружие и хорошая броня дает больше шансов на победу во время столкновений с противниками. Пони и Бики зарабатывают очки опыта, а повышение уровня позволяет прокачивать новые способности. Противники со временем становятся сильнее, а боссы появляются чаще. Здоровье у подопечных ограничено, но специальные зелья помогают его восстанавливать. Ресурсы на каждом уровне ограничены, как и некоторые виды оружия.