Отправляясь в Yakuza Revenge, предстоит попасть в атмосферу разборок между японскими бандами. Человечество продвинулось в недалекое будущее, о чем повествует вымышленный альтернативный мир с элементами научной фантастики, погружая игрока в перипетии сюжета. Глава группировки Якудза умирает собственной смертью, отчего руководящие и приближенные люди решают сохранить произошедшее в секрете. Принимается решение воссоздать генетически скопированного человека на должность нового главы, чтобы не разразились жестокие бунты и конфликты между другими деятелями преступного мира.

Главным героем Yakuza Revenge выступает человек, обладающий талантом к выполнению опасных и секретных операций. Предстоит продвигаться и исследовать тайные заводы на территории Соединённых Штатов Америки, чтобы отыскать и выкрасть необходимый биологический материал, требующийся для создания копии главаря Якудзы. Выполняя поставленную задачу, протагонист повстречает на своем трудном пути большое количество соперников, желающих остановить нарушителя.

Игрокам предстоит сражаться и использовать все доступные способности героя, начиная от оружейных навыков и точной стрельбы, заканчивая приемами рукопашного боя. В процессе геймплея будут открываться новые типы вооружения и предметов, доступные для применения во время боя. Персонаж способен свободно перемещаться между локациями, проводя собственное расследование, стараясь обнаружить нужный компонент для выполнения миссии.