Отправляться в Midnight Protocol предстоит через виртуальные сети, при помощи навыков профессионального хакера. Игрок выступает в роли взломщика и программиста. Личные данные одного из сетевых преступников по имени Дейта были обнаружены и теперь государственные структуры начинают активно заниматься шантажом протагониста, мешая продолжать совершать свои махинации в интернет пространстве и вынуждая к сотрудничеству.

Погружаясь в атмосферу Midnight Protocol, пользователям выпадет возможность опробовать себя на позиции настоящего взломщика личных данных и паролей. Приходиться делать моральные выборы, влияющие на развитие истории и самого персонажа. Пользователь может поступать честным образом или начать копаться в личной информации граждан, воруя финансовые перечисления с их банковских карточек. От поступков зависит развитие карьеры и событий в жизни персонажа, поэтому можно как выручить полицию в поимке злодея, так и напротив, начать мешать расследованию и помогать Дейте.

Игра представлена в виде уровней на цифровом пространстве, где предстоит решать разнообразные пошаговые головоломки и задачки, помогающие обходить защиту программного обеспечения. Приходиться постоянно отслеживать новинки черного рынка и приобретать улучшенное программное обеспечение, чтобы более удачно вскрывать сложные пароли и выполнять трудные, поставленные перед героем задания.