ChronoBox - визуальная новелла в аниме-стилистике, содержащая контент для взрослых. События приключения развиваются на острове под названием Ангельский. Герои учатся в обычной школе Эдем. Главным героем повествования выступает школьник по имени Наюта. Его жизнь кажется настоящим раем, однако в один момент случается страшное, превращающее его жизнь в настоящий ад.

Когда счастливые деньки заканчиваются, герою попадает в руки мистическая черная коробка. При этом он знакомится с таинственной черноволосой девушкой. Протагонист ChronoBox стремительно начинает терять память и это лишь малые события, затягивающие Наюту в водоворот мистики и кошмаров.

Игровой процесс построен на классических механиках визуальных новелл и поинт-н-клик приключений. Необходимо общаться с многочисленными героинями и героями. У каждого персонажа есть свой характер и предыстория. Почти все участники событий что-то недоговаривают и скрывают. Управляя Наютей, требуется докопаться до истины и узнать причину случившегося катаклизма. В зависимости от стиля игры, можно увидеть 3 разных концовки для каждой из девушек.