События Mortyr 2093-1944 разворачиваются в будущем, когда Третий Рейх захватил власть над всем миром. Однако не фашисты представляют наибольшую угрозу. Дело в том, что планета была охвачена аномальными природными катаклизмами. В это время Юрген Мортир натыкается на машину времени, которая по всей видимости есть причиной грядущего апокалипсиса. Как выяснилось, во время Второй мировой войны нацистам отправлялось вооружение из будущего.

Играть предстоит за сына Юрген по имени Себастьян. герою предстоит пройти 30 разнообразных миссий, уничтожая врагов на своем пути. Также предстоит искать ключи и различные квестовые предметы. На каждой локации содержится много документации, которая в полной мере раскрывает лор игры. По мере прохождения герой встретит множество персонажей. Среди них - Альберт, являющийся создателем машины времени. В ключевые места можно проникнуть двумя способами: через парадный ход или воспользоваться черным ходом. Арсенал оружия состоит из ножей, пистолетов, винтовок, автоматов, пулеметов, огнеметов и гранат. Особым оружием в Mortyr 2093-1944 выступает фаустпатрон. Действия последних глав разворачиваются в мире будущего, поэтому появляются новые виды вооружения. В инвентаре у Себастьяна есть аптечка, фонарик, инфракрасный прицел и прибор ночного видения. Некоторые предметы можно комбинировать между собой. Протагонист может приседать, прыгать и стрейфить. Врагами выступают как обычные, так и бронированные солдаты. На локациях также присутствуют турели. В конце игры ожидает 3 сильных механических босса. Победить их не так просто, поэтому необходимо отыскать индивидуальный подход к каждому из них.