История в MOTHER повествует про девушку по имени Мэри, потерявшую недавно мужа. Героине приходится заботиться самостоятельно о двух детях, оставшихся без отца. Пользователь возьмет роль опечаленной женщины, просыпающейся по ночам из-за бессонницы и кошмаров. Предстоит продвигаться по дому, замечая странные и пугающие вещи, напрягающие мрачной атмосферой происходящие события. Одинокой маме необходимо бороться с личными демонами и страхами, постепенно укрепляя сознание и избавляясь от проблем личного характера.

Отправляясь в MOTHER, геймерам придется:

• Каждую ночь ложиться спать, чтобы развивать персонажа и получать новую информацию.
  
• Выполнять все рутинные дела, ожидающие дома, чтобы завершать цикл действий перед сном.
  
• Укладывать детей, создавая комфортные и благоприятные условия в помещении.
  
• Защищаться от потусторонних ужасов, подступающих ближе к вечеру.

Главной задачей для игроков становится решение головоломок, изучение окрестностей и выживание. Приходится отслеживать за состоянием собственной психики и стабильностью деток, чтобы обеспечить для них полноценную безопасную зону. Протагонистка способна передвигаться по комнатам здания, применяя телефон и пистолет для самообороны от темных сил, желающих нанести ущерб страдающей семье. Игрок может активно взаимодействовать с предметами окружающей среды, чтобы раскрывать подробности окутывающей тьмы и найти решение, способное избавить героев от мучений.