Атмосферные приключения в Cross Channel позволяют пользователям отправиться в интерактивный роман, выполненный в анимешной рисовке и повествующий про парня по имени Куросу Тайти. В альтернативном мире присутствует школа Ультрамарин, находящаяся на специальном изолированном островке, куда попадает главный герой. Пареньку предстоит отправиться вынужденно на учебу, но радость приносит возможность посещать кружок радиовещания, где получается совместно с другими ребятами заниматься любимым делом.

Познакомившись с ребятами из клуба в Cross Channel, становится понятно, что у каждого есть собственный набор психологических проблем и нужно с ними справляться. Игра позволяет геймерам активно участвовать в разрешении происходящих ситуаций, выбирая действия из доступных вариантов. Главной задачей для игрока становится продвижение по сюжету, чтобы разобраться в загадочном событии, которое происходит через время. Ребята из кружка при возвращении в город заметили странное явление, из-за которого исчезли все люди.

Занимаясь исследованием локаций, протагонист замечает девочку, которая скрывается и исчезает при удобной возможности, не давая себя выследить. Предстоит выяснять что произошло и проводить собственное независимое расследование, где необходимо проявлять осторожность и внимательность, чтобы не попасться в ловушку.