Jeanne at the Clock Tower переносит пользователей в искаженный и мрачный мир, показывая альтернативные события во времена Второй мировой войны. Один из французских солдат встречает загадочную девушку по имени Жанна. Главный герой и решительная женщина попадают на путь искупления, переносясь в другое пространство. Вселенная смешивает фэнтези сеттинг с реалиями периода 1940х годов, показывая мистический путь двух неупокоенных душ, желающих найти гармонию и спокойствие. Игра выполнена в виде визуального романа, рассчитанного на совершеннолетнюю аудиторию пользователей из-за сцен насилия и эротики, присутствующие при прохождении сюжета.

Протагонисты Сил и Роланд в Jeanne at the Clock Tower изолированы от своего отряда и вынуждены бродить по ночному лесу, натыкаясь на группу кавалеров. Девушка-рыцарь по имени Эдвальда возглавляет средневековых всадников и нападает на путников, из-за чего один из парней получает смертельное ранение, а второй теряет сознание и просыпается в неизвестном месте, недалеко от тихого лесного источника. Одинокая девчонка спасает жизнь Роланду и приводит его в чувства, исцеляя опасные раны. Герою предстоит ознакомиться с окружающей местностью, исследуя странные события, которые переместили юношу в пространстве и времени. Альтернативная вселенная показывает тиранию гротескного царства, покрытого вечным туманом и кровожадными войнами между армиями неизвестных государств. Геймеры будут направлять развитие истории, предпринимая выборы и стараясь отыскать путь домой.