Grisaia Phantom Trigger Vol.2 выполнена в виде интерактивного романа, повествующего про продолжение приключений боевых девчонок. Игра продолжает историю Михамы Рены, Токи, Крис и Мурасаки, спасающих японских граждан от преступной деятельности. Визуальная новелла нарисована в аниме стилистике и представляет собой кинетический рассказ, за которым будут наблюдать пользователи. Повествование во второй главе касается одной VIP персоны, прибывшей из-за границы и пропавшей без вести.

Для отряда девушек в Grisaia Phantom Trigger Vol.2, главной задачей становится поиск потерянного человека, находящегося по последним данным на территории Японии. В секретном задании, группу обученных элитных девчонок будет сопровождать два друга из кампуса Сакурагаока. Товарищи будут стараться помочь в выполнении задачи, постоянно оказывая дурное влияние на происходящие события в силу повышенной невезучести. Предстоит пробираться через множество испытаний, приводящих к смертельным схваткам.

Геймеры будут наблюдать за разворачивающимися событиями, где девушки будут скрытно и динамично работать против преступной организации, применяя огнестрельное оружие. В команде будет стрелок, снайпер, шпион и подрывник, которых обучила военному искусству наставница по имени Харуто. В процессе приключений, придется выяснять подробности о загадочном байкере, знающем о пропавшей VIP персоне.